"כִּי תִשָּׂא אֶת-רֹאשׁ בְּנֵי-יִשְׂרָאֵל, לִפְקֻדֵיהֶם, וְנָתְנוּ אִישׁ כֹּפֶר נַפְשׁוֹ לַה', בִּפְקֹד אֹתָם; וְלֹא-יִהְיֶה בָהֶם נֶגֶף, בִּפְקֹד אֹתָם". מכאן למדנו (ואף כך אירע בימיו של דוד המלך) שאסור למנות את מספרם של אנשים מישראל, והעושה כך מסכן את כולם.
נשאלת השאלה, מדוע ישנה סכנה גדולה כל כך בספירה זו? מסביר רבינו בחיי, כי כל קבוצת אנשים, בזמן שמספרם המדויק אינו ידוע, הרי היא קבוצה אחת. אין משמעות לערכו של כל פרט ופרט. אותו מכנה משותף, שהוא המגבש אותם להיות קבוצה אחת "בולע" את כולם בתוכו. ואילו כאשר סופרים את חברי הקבוצה, מתייחסים בכך לייחודו האישי של כל אחד ואחד.
עם ישראל, מעצם טבעו, מורכב מפרטים שונים זה מזה באופיים ובארחות חייהם - צדיקים, בינוניים ורשעים. כל אחד עפ"י אישיותו המיוחדת. מה שהופך אותנו לציבור אחד הוא הדבר השייך לכולנו: ייעודנו המשותף, מוצאנו המשותף וזהותנו המשותפת. אם נקח כל פרט לבדו, ונבדוק את מצבו הרוחני והמוסרי, על מעלותיו ומגרעותיו, יהיה עליו לתת את הדין על כל מעשיו ומחדליו. אבל כאשר אנו מסתכלים על עם ישראל כולו כמקשה אחת, מה שעומד לנגד עינינו הוא הזהות, הייעוד והמוצא המשותף של כולנו. לכן, המביט על העם כולו במבט כללי, לא יכול אלא לומר: "כולך יפה רעייתי ומום אין בך".
ספירתם של בני ישראל לעומת זאת, לוקחת את המטבע הלאומי הגדול, ופורטת אותו לפרוטותיו הקטנות והזעירות. הכלל הגדול האחד הופך להיות אוסף של פרטים. ואז, כאשר כל אחד נשקל בפני עצמו, עולות על פני השטח כל מגרעותיו. לכן מוטל עליו לתת את כופר נפשו, בכדי ש"לֹא-יִהְיֶה בָהֶם נֶגֶף, בִּפְקֹד אֹתָם".
מאותה סיבה, כופר הנפש חייב להיות מחצית השקל. כי כאשר הפרט אינו רואה את קיומו הפרטי כמציאות שלמה העומדת בפני עצמה, אלא רואה את עצמו כמחצית בלבד, כזו המחפשת את השלמתה במסגרת הכלל, אזי גם בפרטיותו הוא אינו אלא איבר מאבריו של הכלל הגדול, ובכך מונע את אותו הנגף העלול לקרות מעצם אותה ספירה.